Он объединял все известные конфессии и считался местом, где, несмотря на различные верования, люди жили в мире.

При таком построении предложения, обособление обстоятельства "несмотря на..." не требуется. Если хочется сделать на нём акцент, лучше разместить его между подлежащим и сказуемым. Тогда и запятые будут оправданы.

Лишь в 74 году, археологи-любители Синам и Сиджас смогли буквально откопать его, явив миру “Первую святыню Пандоры”.
В силу трудностей город решили оставить под землей, лишь

1. Во избежание навязчивого повтора предлога "лишь" в рядом стоящих предложениях, предлагаю заменить первый на "только".
2. Обстоятельство времени, на мой взгляд, тут в обособлении не нуждается.
3. Что значит "буквально откопать"? Можно откопать что-то в переносном смысле?
4. Откопать - глагол с довольно специфическим смыслом. Он означает не просто найти предмет при раскопках, но извлечь из земли, полностью освободить. Соответственно, он не сочетается с продолжением текста. Предлагаю заменить его глаголом "раскопать", лишённым этого недостатка. Ср.: "раскопать курган".
5. "В силу трудностей" - без конкретизации, ничего не значащий оборот. Что за трудности? Объём работ, опасность обвала, ещё что-то? Любая конкретная причина тут смотрелась бы гораздо лучше.

хотели оставить всё в первичном облике.

Обычно говорят "в первозданном облике".

Только были отремонтированы здания и заново проложены улицы.

Предыдущие предложения были неопределённо-личные: "решили", "отказались", "хотели". Почему бы не продолжить в том же ключе: "отремонтировали здания и заново проложили улицы"?

работает не только в его прямом назначении, но и

Обычно говорят "не только по прямому назначению, но и".

Законопроект был отредактирован, все голоса сброшены.

название: Первая святыня Пандоры.

обоснование:
В любом путеводителе должно быть упоминание об этом городе! почему его до сих пор не было не понятно.

Вот, кстати, по мнению автора - склоняется ли название города? Я так понимаю, что нет :

Подробнее о Синам-Сиджас.

А в летописи :

Выдвинут закон «Первая святыня Пандоры.» — об изменении описания Синам-Сиджаса.

Не звучит, имхо, мне несклоняемый вариант тоже больше нравится. Ворон, может, в ошибки черканёшь?

Хм, так вроде есть такие города, которые по другому склоняются, те же Красные Дюны во мн. ч.. С ними периодически вылезали косяки и их вроде исправляют.

Законопроект принят. Изменения вступят в силу в ближайшее время.

Итоги голосования: 48 «за», 7 «против» (итого 87% «за»), 2 «воздержалось».