Яркий свет. Нео, совершенно неповреждённый, без ран и с целыми глазами, приходит в себя сидящим в красном кресле Морфеуса из первой части «Матрицы» в абсолютно белом пространстве. Он видит перед собой Архитектора. Архитектор говорит Нео, что потрясён тем, на что способен человек во имя любви. Он говорит, что не учёл ту силу, которая вселяется в человека, когда он готов пожертвовать своей жизнью ради других людей. Он говорит, что машины на это не способны, и поэтому они могут проиграть, даже если это кажется немыслимым. Он говорит, что Нео – единственный из всех Избранных, который «смог зайти так далеко». Нео спрашивает, где он. В Матрице, отвечает Архитектор. Совершенство Матрицы заключается, в числе прочего, ещё и в том, что она не допускает, чтобы непредвиденные события нанесли ей хоть малейший ущерб. Архитектор сообщает Нео, что они сейчас находятся в «нулевой точке» после перезагрузки Матрицы, в самом начале её Седьмой Версии. Нео ничего не понимает. Он говорит, что только что уничтожил Центральный Компьютер, что Матрицы больше нет, как и всего человечества. Архитектор смеётся, и сообщает Нео нечто, шокирующее до глубины души не только его, но и весь зрительный зал.

Зион – это часть Матрицы. Для того, чтобы создать для людей видимость свободы, для того, чтобы дать им Выбор, без которого человек не может существовать, Архитектор придумал реальность внутри реальности. И Зион, и вся война с машинами, и агент Смит, и вообще всё, что происходило с самого начала трилогии, было спланировано заранее и является не более чем сном. Война была только отвлекающим маневром, а на самом деле все, кто погиб в Зионе, боролся с машинами, и сражался внутри Матрицы, продолжают лежать в своих капсулах в розовом сиропе, они живы и ждут новой перезагрузки системы, чтобы снова начать в ней «жить», «бороться» и «освобождаться». И в этой стройной системе Нео – после его «перерождения» – будет отведена всё та же самая роль, что и во всех предыдущих версиях Матрицы: вдохновлять людей на борьбу, которой нет. Ни один человек никогда не покидал Матрицу с момента её создания. Ни один человек никогда не умирал иначе, как согласно плану машин. Все люди – рабы, и это никогда не изменится. Камера показывает героев фильма, лежащих в своих капсулах в разных уголках «питомников»: вот Морфеус, вот Тринити, вот капитан Мифунэ, погибщий в Зионе смертью храбрых, и многие, многие другие. Все они безволосы, дистрофичны и опутаны шлангами. Последним показывают Нео, выглядящего в точности так же, как в первом фильме в момент его «освобождения» Морфеусом. Лицо Нео безмятежно.

Вот как объясняется ваша суперсила в «реальности», говорит Архитектор. Этим же объясняется и существование Зиона, который люди «никогда не смогли бы построить таким, каким вы его видели» из-за нехватки ресурсов. И неужели, смеется Архитектор, мы позволяли бы освобожденным из Матрицы людям скрываться в Зионе, если у нас всегда была возможность либо убить их, либо подключить к Матрице снова? И неужели нам нужно было ждать десятилетия, чтобы уничтожить Зион, даже если бы он существовал? Всё-таки вы нас недооцениваете, мистер Андерсон, говорит Архитектор. Нео, с помертвевшим лицом глядящий прямо перед собой, пытается осознать происшедшее, и бросает последний взгляд на Архитектора, который говорит ему на прощание: «В Седьмой Версии Матрицы миром будет править Любовь». Звучит будильник. Нео просыпается, и выключает его. Последний кадр фильма: Нео в деловом костюме выходит из дома, и быстрым шагом направляется на работу, растворяясь в толпе. Под тяжелую музыку начинаются финальные титры.